Das Museum entstand Anfang der 50er Jahre und ist dem Rektor der Kirche, Don Pietro Monti, zu verdanken. Die Restaurierungsarbeiten in der alten Kapelle der Heiligen Restituta (afrikanische Märtyrerin, deren Relikte auf Ischia im 5. Jahrhundert angekommen sind, wo sie in der Kapelle geblieben sind, bis sie nach Neapel im 9. Jahrhundert gebracht wurden), die sich am gleichnamigen Platz im Zentrum von Lacco Ameno befindet, haben im Jahre 1951 eine frühchristliche Krypta direkt unter dem Fußboden ans Licht gebracht. Die Entdeckung einer im 6. – 7. Jahrhundert v. Ch. datierten Tonlampe hat die Ausgrabungsarbeiten beschleunigt, die nach kurzer Zeit zur Entdeckung eines alten christlichen Friedhofes und danach zahlreicher phönizischen, punischen und griechisch-römischen Gräber geführt hat. Die Ausgrabungen und das Museum wurden 1974 endgültig geregelt. Zur Zeit ist das Museum der Kurie von Neapel sowie der Oberaufsicht für die Archäologische Kulturerbe von Neapel und Caserta untergeordnet.

Die Besonderheit des Museums besteht in der engen Verbindung zwischen den Ausgrabungen und dem Museum selbst, das direkt auf dem Ort, wo sich die antiken Siedlungen befanden, gegründet wurde, wo auch im Laufe der Zeit Funde aus anderen Gebieten der Insel vorgestellt werden. Dank dieser Ausgrabungsarbeiten ist es für die Wissenschaftler möglich gewesen, sowohl ein Friedhofsgebiet als auch eine “industrielle” Zone mit den Ofen zum Brennen des Tons zu identifizieren. Die Vasen aus Pithecusae wurden eben dort gebrannt, um nachher im ganzen Mittelmeerraum verkauft zu werden. Es ist möglich, Töpferwaren, Fragmente von Amphoren für Wein sowie kleine Statuen und Teller mit Gottheitsabbildungen zu bewundern, wie zum Beispiel der Kopf der Nimphe Aretusa (4. Jahrhundert v.Ch.), der Kopf von Demetra (4. Jahrhundert v.Ch),   ein Lekythos aus Ton und schwarzer Farbe (4. Jahrhundert v.Ch.), ein Antefix aus Ton und roter Farbe (4. Jahrhundert v.Ch.) oder sogar einen kleinen Altar aus weißem Marmor (3. Jahrhundert v.Ch.), was mit einem Meißel geglättet wurde. Parallel dazu kann man in den Ausgrabungen ein globales Panorama der Geschichte der Insel Ischia, von der Urgeschichte bis zum griechisch-hellenistisch-römischen Zeitraum und zu den frühen Zeugnissen des Christentums bewundern

Das Museum ist vom Kirchenhof aus zugänglich. Die Ausstellungsfläche entspricht ca. 1550 m², die aus zwei Ebenen besteht. Im oberen Teil befinden sich drei Räume, wo man Mobiliar, silberne Ex Voti, Malereien, kirchliche Paramente, Krippenhirten, Reliquiare, Prozessionskreuze, Messbücher, kleine neapolitanischen Statuen vom 18. und 19. Jahrhundert sowie Keramik aus dem Mittelalter bewundern kann. Der untenstehende archäologische Teil wurde in vier Sektionen aufgeteilt:

1. SEKTION: Es ist die „industrielle“ griechische Zone mit Ofen, Werkstätten zur Tonbearbeitung, und Dekantationsschüssel, die auf die 7. – 2. Jahrhunderte v.Ch. zurückgehen.

2. SEKTION: Im HIntergrund findet man Wände in netzförmiger Bearbeitung, andere auf dem Fußboden ausgehauenen Gräber sowie einen kleinen steinigen Altar mit einer Urne, wo Relikten der Heiligen Restituta aufrechterhalten werden.

3. SEKTION: Großer unterirdischer Raum, was in Museum verwandelt wurde: auf die Spur des Lebens der ersten griechischen Einsiedler.

4. SEKTION: christlicher Friedhof (im Freien). Um dem Friedhof kann man verschiedene Gräber auf drei Ebenen schätzen.