Neapel liegt malerisch direkt am gleichnamigen Golf, was vom Vulkan Vesuv überragt wird. An der Ostseite grenzt die Stadt an der Sorrentinischen Halbinsel mit der Punta Campanella, dagegen an der Westseite grenzt sie am Golf von Pozzuoli mit dem Kap Misen. Nördlich der Stadt wird das Territorium von den Apenninen der Region Kampanien umrundet.    

Die historische Stadt hat sich am Meer entlang entwickelt. Die erste Stadtniederlassung entstand auf dem Inselchen Megaride, wo die griechischen Ansiedler einen ersten Handelsplatz gegründet haben, was die spätere Entwicklung der heutigen Stadt zur Folge gehabt hat.

Das Territorium der Stadt besteht hauptsächlich aus einer Hügellandschaft, wo die historischen Stadtviertel entstanden sind, was außerdem aus Inseln, Buchten und Steilwandhalbinseln am Tyrrhenischen Meer gebildet ist.