El museo surge a inicios de la década del 50 gracias a Don Pietro Monti, rector de la iglesia: los trabajos de reparación de la antigua capilla dedicada a la mártir africana Santa Restituta (cuyas reliquias llegaron a Ischia en el siglo V y fueron depositadas aquí antes de que fueran trasladadas a Nápoles en el siglo IX), situada en la homónima plaza en el centro de Lacco Ameno, sacaron a la luz en 1951 una cripta paleocristiana situada precisamente debajo del piso. El descubrimiento de una lámpara de arcilla fechada entre los siglos VI y VII d.C. impulsó los trabajos de la excavación que poco después condujeron al descubrimiento de un antiguo cementerio cristiano y posteriormente numerosas tumbas felicias, púnicas y greco-romanas. Las excavaciones y el museo se establecieron definitivamente en 1974. Actualmente el museo está supeditado a la curia de Nápoles y a la Superintendencia para los Bienes Arqueológicos de las provincias de Nápoles y Caserta.

La peculiaridad del Museo es la estrecha combinación entre las áreas de excavaciones y la entidad museal: en efecto, éste ha sido realizado en los mismos lugares donde estuvieron los antiguos asentamientos y ha terminado por recoger, al pasar el tiempo, también otros hallazgos provenientes de otras partes de la isla.

Los trabajos de las excavaciones han permitido a los estudiosos identificar tanto un área de cementerio como un área “industrial” donde estaban presentes los hornos para la cocción de la arcilla. Los ánforas y jarrones pitecusanos eran elaborados y cocidos precisamente en aquel lugar para luego ser vendidos y exportados por todo el Mediterráneo. Luego también es posible observar lozas de barro y fragmentos de ánforas para el vino, estatuillas y platos decorados con figuras divinas, como por ejemplo, la cabeza de la ninfa Aretusa (siglo IV secolo a.C.) y la cabeza de Demetra (siglo IV a.C.), un lekythos de arcilla y pintura negra (siglo IV a.C.), un antefijo de arcilla y pintura roja (siglo VI secolo a.C.) o incluso un árula en mármol blanco pulida a cincel (siglo III a.C.). Paralelamente, en el interior del recorridoen las excavaciones es posible observar un panorama global de la historia de la isla de Ischia: desde la prehistoria al período greco-helenístico-romano, hasta los testimonios del primer Cristianismo.

Al museo se accede desde el patio de la iglesia y ocupa un área de unos 1550 m², en dos pisos. El piso superior comprende tres salas con la exposición de mobiliario, ex voti de plata, pinturas, vestimentas sagradas, pastores de Belén, relicarios, cruces de procesiones, misales, estatuillas napolitanas de los siglos XVIII y XIX así como cerámicas medievales. El área arqueológica subterránea está subdividida en cuatro sectores. 

I SECTOR: Es la zona industrial griega con instalaciones de hornos, talleres de elaboración de la arcilla, cubetas de decantación fechadas entre los siglos VII y II a.C.

II SECTOR: Encontramos muros reticulados visibles al fondo, otros sepulcros tallados sobre el piso romano y un pequeño altar de piedra local que protege una urna con reliquias de Santa Restituta. 

III SECTOR: Amplia sala subterránea convertida en museo: recoge muestras de la presencia de la vida de los primeros colonos griegos.

IV SECTOR: Cementerio cristiano sub-divo. En torno al área del cementerio se admiran los numerosos sepulcros que se superponen sobre un triple piso