Il museo nacque agli inizi degli anni '50 grazie al rettore della chiesa, Pietro Monti: i lavori di riparazione dell'antica cappella dedicata alla martire africana Santa Restituta (santa) (le cui reliquie giunsero a Ischia nel V secolo e furono qui collocate prima di essere traslate a Napoli nel IX secolo), situata nell'omonima piazza nel centro di Lacco Ameno, portarono alla luce, nel 1951, una cripta paleocristiana proprio al di sotto del pavimento. Il ritrovamento di una lucerna fittile datata VI secolo-VII secolo d.C. impresse una spinta propulsiva ai lavori di scavo, che in breve portarono alla scoperta di un antico cimitero cristiano ed in seguito di numerose tombe fenicie, puniche e greco-romane. Gli scavi ed il museo ebbero sistemazione definitiva nel 1974; attualmente il museo è sovraordinato alla curia di Napoli e alla Soprintendenza per i beni archeologici delle province di Napoli e Caserta.

La peculiarità del Museo è rappresentata dalla commistione tra le aree di scavo e l'entità museale: esso infatti è stato realizzato sui luoghi stessi degli antichi insediamenti e ha finito per raccogliere, col passare del tempo, anche i reperti provenienti da altre parti dell'isola.

I lavori di scavo hanno permesso agli studiosi di identificare sia un'area cimiteriale sia un’area "industriale" in cui erano presenti i forni per la cottura della creta. I vasi pitecusani  venivano lavorati e cotti proprio in quel punto per poi essere venduti ed esportati per tutto il Mediterraneo. È quindi possibile osservare cocci e frammenti di anfore per il vino, di statuette e di piatti raffiguranti figure divine, come ad esempio la Testa della ninfa Aretusa (IV secolo a.C.) e la Testa di Demetra (IV secolo a.C.), un lekythos d'argilla e vernice nera (IV secolo a.C.), un'antefissa in argilla a vernice rossa (VI secolo a.C.) o addirittura un’arula in marmo bianco levigata a scalpello (III secolo a.C.). Parallelamente, all'interno del percorso degli scavi è possibile osservare un panorama globale della storia dell'isola d'Ischia: dalla preistoria al periodo greco-ellenistico-romano, fino alle testimonianze del primo Cristianesimo.

Il Museo, al quale si accede dal cortile della Chiesa, occupa un’area di circa 1550 mq., distinta in due piani. Il piano superiore comprende tre sale con l’esposizione di suppellettili, ex voto d’argento, dipinti, paramenti sacri, pastori da presepio, reliquiari, croci processionali, messali, statuine del Sette/Ottocento napoletano, ceramiche medievali. L’area archeologica sottostante è suddivisa in quattro settori.

I SETTORE: E’ la zona industriale greca con impianti di fornaci, officine per la lavorazione dell’argilla, vaschette di decantazione databili tra il VII-II sec. a.C.

II SETTORE: Troviamo mura in opera reticulata, visibili sul fondo; altri sepolcri intagliati sul pavimento romano e un altarino di pietra locale che protegge un’urna con reliquie di S. Restituta.

III SETTORE: Ampia sala sotterranea sistemata a museo: raccoglie i segni della presenza e della vita dei primi coloni greci.

IV SETTORE: Cimitero cristiano sub-divo. Attorno all’aria cimiteriale si ammirano i numerosi sepolcri che si sovrappongono su di un triplice piano.