L'antica città fu fondata da coloni greci provenienti da Focea come base di supporto nel Tirreno per gli intensi scambi commerciali con le popolazioni italiche. Nel periodo delle colonie della Magna Grecia, Elea assunse le caratteristiche di una città autonoma ed in forte espansione e fu sede di una prestigiosa scuola medica le cui tradizioni e conoscenze sono da molti considerate le radici della Scuola Medica Salernitana.
In Età Romana vide mutato il nome in Velia e illustri personaggi tra cui Cicerone e Orazio trovarono Velia una meta ideale per le loro villeggiature.
Il declino di Velia giunse con il progressivo insabbiamento dei porti e la fine degli scambi commerciali e della ricchezza economica che questi avevano significato.
Con l'avvento del cristianesimo divenne sede vescovile fino al definitivo impoverimento del nucleo abitativo dovuto alle incursioni saracene.
Gli Scavi archeologici iniziarono nel 1921 ed hanno riportato alla luce gran parte dell'antica città, facendone ricostruire completamente la pianta originale.