Идея создания музея возникла в начале 50-х годов благодаря настоятелю храма Пьетро Монти,  когда в 1951 году во время строительных работ  по реконструкции часовни, посвященной африканской мученице Святой Реституте,  мощи которой прибыли на Искью в V веке и хранились здесь до момента их передачи в Неаполь в IX  веке,  был обнаружен  раннехрестианский склеп, располагавшийся непосредственно под полом часовни. Это, а также  найденная здесь глиняная лампада, датируемая приблизительно VI-VII  вв. до н.э. послужило толчком к проведению более тщательных археологических раскопок, в результате которых было обнаружено старинное  христианское кладбище и  многочисленные финикийские,  пунические и греко-римские гробницы.   Раскопки и оформление музея были окончательно завершены к 1974г. В настоящее время музей  находится под патронажем Главного управления археологическим наследием провинций  Неаполя и Казерты.

Особенность музея заключается в том, что расположен он непосредственно на территории археологических раскопок. Основанный на месте древних поселений он постепенно становится местом хранения интересных находок и с других концов острова.

При раскопках учеными были обнаружены зона  некрополя и промышленная зона, в которой сохранились печи по обжигу и сушке керамики. Именно здесь изготавливали знаменитые  вазы и сосуды Питекузы для последующей их продажи и экспорта по всему Средиземноморью.  Сегодня здесь можно увидеть осколки винных амфор, небольшие статуэтки, блюда с изображением божественных обликов, таких как Голова нимфы Аретусы (IV век до н.э.) и Голова Деметры (IV век до н.э.), глиняный лекутос (тонкий флакон для женских духов), покрытый черным лаком и глиняный антефикс, покрытый красным лаком (VI век до н.э.).

Найденные при раскопках многочисленные древние предметы помогли составить достаточно полное представление об истории острова Искья, начиная с доисторического периода до греко-эллинско-римского и первых свидетельств раннего Христианства.

Музей, вход в который находится справа от церковного двора, занимает площадь около 1550 квадратных метров и делится на две части. Верхний этаж составляют три зала, в которых представлена экспозиция  предметов домашнего обихода, серебряных украшений, картин, священных облачений, фигурок  рождественского вертепа, реликварии, церковные кресты, требники, неаполитанские статуи периода восемнадцатого и девятнадцатого веков, средневековая керамика.  Нижняя археологическая зона разделена на четыре сектора:
I-й - Промышленная зона греков с печами по обжигу и сушке керамики, мастерскими для работы с глиной, декантационными чанами VII-II вв. до н.э. 
II -й - На дне можно увидеть стены с  сетчатым армированием; гробницы, высеченные на римских полах и алтарь из местного камня, охраняющий урну с мощами святой Реституты.
III-й - Просторный подземный музейный зал,  где хранятся свидетельства  первых греческих  поселенцев. 
IV-й - Христианское кладбище, вокруг которого расположены многочисленные гробницы,  как бы накладывающиеся друг на друга и образующие тройной план.