Неаполь расположен практически в самом центре одноименного залива, который на востоке граничит с Соррентийским полуостровом и Пунта Кампанелла, на западе с Заливом Поццуоли и мысом Капо Мизено, и на севере с предгорьем Аппенин; но доминирующее положение всё же занимает возвышающийся над заливом Везувий.

Исторический город развивался в основном на побережье. Его первоначальное ядро​​ было сформировано на островке Мегариде, используемом греческими поселенцами в качестве склада для товаров, который повлек за собой развитие сегодняшнего города.

Территория Неаполя в основном состоит из холмов, где зародились исторические кварталы и районы города, а также из островов, заливов и полуостровов, находящихся в Тирренском море.